En la Asociación existen diversos comités, coordinados por los miembros de la junta directiva y gestionados por los socios.
Durante el puente de la Constitución en Diciembre, todos los años, tiene lugar el Congreso de la Asociación. Punto de encuentro de los miembros de AEFONA.
Comité encargado de organizar actividades para los socios, como quedadas, concentraciones fotográficas o los libros de socios.
Comité que planifica y lleva a cabo las acciones de comunicación de la Asociación.
Comité que trabaja fundamentalmente para que los concursos de fotografía de naturaleza tengan unas bases dignas y respetuosas con los derechos de los participantes, e integren el Decálogo ético del fotógrafo de naturaleza.
Comité encargado de promocionar en AEFONA las buenas prácticas en materia de fotografía de naturaleza y el papel de esta en la conservación de la naturaleza, empezando por la sensibilización ambiental.
Cada año AEFONA organiza su concurso internacional de fotografía para la conservación.
Comité encargado de poner en valor y dar visibilidad al trabajo fotográfico, proyectos y experiencias impulsadas por las socias de AEFONA.
Comité de Jóvenes
Comité encargado de poner en valor y dar visibilidad al trabajo fotográfico de los socios más jóvenes, ofreciéndoles asesoramiento, actividades, formación e iniciativas de promoción.
Comité que vela por la mejor atención al socio desde el punto de vista administrativo e informativo, tratando de que sea lo más cercana y personal posible.
Comité encargado de las tareas necesarias para la edición y publicación anual de la revista Iris.
Comité que promueve y atiende diferentes causas solidarias a través de la actividad fotográfica.
Comité cuya principal función es el diseño y la producción de exposiciones colectivas para los socios de AEFONA.